1 «Seven Thirty-Seven»
Después de completar su trato con Tuco en el depósito de chatarra, Walt y Jesse se dan cuenta de lo desquiciado y rápidamente violento que puede ser su socio comercial. Tanto Walt como Jesse se ven sacudidos por la misteriosa aparición de un ominoso SUV negro. Jesse decide dispararle a Tuco antes de que los mate, pero Walt tiene un plan más subrepticio que involucra envenenar a Tuco con ricina, dejando así sus manos limpias. El pánico surge cuando piensan que Tuco está matando a sus propios asociados. Hank revisa las imágenes de vigilancia de seguridad del allanamiento del almacén sin darse cuenta de que está mirando a Walt y Jesse. Skyler le cuenta a Hank sobre el robo en tiendas de Marie, y se entera de que ya está recibiendo terapia para la cleptomanía. Los temores de Jesse y Walt se hacen realidad cuando Tuco los secuestra.
2 «Grilled»
Habiendo sido secuestrados por un Tuco enloquecido, Walt y Jesse son prisioneros en un remoto escondite en el desierto. Tuco cuida a su tío enfermo, un antiguo capo del narcotráfico que ahora está incapacitado debido a un ACV y solo puede comunicarse con una campana. El cuñado de Walt, Hank, y la DEA han hecho rodar toda la organización de Tuco, y Tuco cree que uno de sus asociados lo delató. Walt intenta sin éxito alimentar a Tuco con el veneno que ha preparado. Hank, mientras tanto, se toma tiempo libre para ayudar a buscar al desaparecido Walt. Skyler está enferma de preocupación y ha estado distribuyendo folletos con la foto de Walt. Hank recuerda que Jesse Pinkman había estado suministrando marihuana a Walt y trata de localizarlo. Usando su campana para comunicarse, el tío mudo de Tuco, en silla de ruedas, lo alerta sobre el hecho de que sus prisioneros están haciendo algo. Tuco los lleva afuera y planea matarlos. Walt y Jesse logran herir a Tuco y escapar. Hank aparece buscando a Jesse, y se enfrenta a un Tuco herido y muy enojado. Se produce un breve tiroteo en el que Hank mata a tiros a Tuco.
3 «Bit by a Dead Bee»
Habiendo escapado del ahora muerto Tuco, Walt y Jesse tienen que regresar a casa y explicar sus desapariciones. Walt tiene un plan y envía a Jesse por su propio camino. Solo, Walt va a un supermercado, se quita toda la ropa y deambula por los pasillos en un estado desorientado. Es hospitalizado y afirma no tener memoria de dónde ha estado durante los últimos días. Jesse regresa a su casa para limpiar el sótano y deshacerse de la caravana. Cuando la DEA lo rastrea, él afirma que ha estado con una prostituta durante el fin de semana. La policía no le cree y cree que sabe cómo exprimirlo: traen al tío de Tuco para identificarlo, pero el anciano se niega a cooperar con las autoridades.
4 «Down»
Walt y Jesse parecen estar limpios, pero Jesse no tiene dinero y Walt no puede salir de la casa para cocinar metanfetamina sin que Skyler se pregunte dónde está. Los padres de Jesse todavía están hartos de su uso de drogas y le ordenan que salga de su casa, que resulta ellos son más dueños que Jesse. Se encuentra sin un lugar donde quedarse ni amigos que lo alojen por la noche. Él termina rastreando su caravana oculta y pasa la noche allí. El comportamiento excesivamente correcto de Walt hace que Skyler se enoje por no decirle nada sobre lo que está haciendo o a quién está viendo. Ella está harta del comportamiento de Walt y quiere saber qué está pasando realmente con él.
5 «Breakage»
Walt continúa su tratamiento y comienza a sentirse mejor, pero le preocupan las crecientes facturas médicas. Jesse comienza a restablecerse, pagando sus deudas y obteniendo un nuevo lugar para vivir. Desarrolla un interés en su nueva vecina y casera Jane Margolis. Walt y Jesse pronto vuelven a la caravana y cocinan nuevamente. Jesse no está interesado en vender las cosas en la calle y sugiere que él y Walt asuman el papel de Tuco como distribuidor. Hank y la DEA se han encontrado con el nombre de Heisenberg y no están seguros de si es real o simplemente una leyenda urbana. Hank es promovido y pronto nombrado para un grupo de trabajo de drogas tri-estatal, sin embargo, puede tener problemas de salud propios. Skinny Pete (uno de los traficantes de Jesse) ha sido estafado por una pareja drogadicta, y Walt le ha hecho saber a Jesse que a menos que haga algo al respecto, se correrá la voz bastante rápido de que Jesse y su equipo son una marca débil.
6 «Peekaboo»
Jesse decide enfrentarse a la pareja que estafó a Skinny Pete. Pronto se da cuenta de que no es un ejecutor muy efectivo. Walt vuelve al trabajo, pero no todo va bien. La historia de Walt comienza a desmoronarse cuando Skyler habla por teléfono con Gretchen Schwartz y Skyler le agradece por pagar el tratamiento de Walt. Gretchen no revela la verdad, pero la amargura de Walt por su relación personal y comercial pasada se revela. Jesse ha sido dominado y retenido como rehén por la pareja drogadicta, pero la mujer adicta mata a su compañero, Spooge, al desequilibrar un cajero automático robado en el que está trabajando, aplastándose la cabeza en represalia por insultarla repetidamente. Jesse recupera la metanfetamina y el efectivo del cajero automático, llama a la policía y huye de la escena.
7 «Negro y Azul»
Walt tiene problemas para ponerse en contacto con Jesse, quien lo ha estado evitando desde su encuentro con Spooge. Jesse tampoco proporciona productos a sus distribuidores, por lo que Walt hace arreglos para entregarlos. Se entera de que hay un rumor en las calles de que Jesse mató a Spooge y, debido a su nueva reputación como asesino a sangre fría, no tienen ningún problema para cobrar el pago. Walt decide que ha llegado el momento de expandir su territorio y darle un buen uso a la nueva reputación de Jesse. Skyler decide conseguir un trabajo y vuelve con su antiguo empleador. Hank comienza su nuevo trabajo en la fuerza de tarea. Le ha dicho a su esposa Marie que es solo un trabajo de escritorio, pero él está en primera línea y muy pronto descubre lo peligroso que puede ser.
8 «Better Call Saul
Walt y Jesse tienen otro problema que enfrentar cuando uno de sus traficantes, el amigo de Jesse, Badger, es arrestado por la policía de Albuquerque. Terminan contratando a un abogado sospechoso, Saul Goodman, que tiene una forma única de garantizar que Badger salga con una sentencia leve sin tener que revelar la identidad de Jesse o Walt. Sin embargo, como Walt aprende, puede tener un precio muy alto. Después del bombardeo en Juárez, Hank regresa a su antiguo trabajo como agente de la DEA y sufre un trastorno de estrés postraumático. Tiene una cara valiente pero tiene problemas para levantarse de la cama por la mañana. Walt decide animarlo y le dice que siga adelante. A través de un investigador privado, Saul rastrea a Walt en la escuela y ofrece sus servicios por una parte de las ganancias.
«4 Days Out»
Walt está convencido de que su condición médica se está deteriorando. Él sigue teniendo ataques de tos y ahora está tosiendo sangre. Después de que su abogado / asesor Saul analiza los números, Walt se da cuenta de que no le queda mucho dinero a su familia. Con una excusa de visitar a su madre, él y Jesse se dirigieron al desierto para una sesión de cocina maratón durante un fin de semana extendido. Jesse continúa causando problemas para ellos, esta vez al dejar las llaves en el encendedor y sin querer agotar la batería de la caravana. Se encuentran atrapados en medio del desierto, congelados y sin comida ni agua. El conocimiento de Walt sobre química nuevamente salva el día.
10 «Over»
A pesar de las buenas noticias sobre su condición, Walt se siente mal y, en general, es infeliz y está al borde de la ira. Skyler decide organizar una fiesta para celebrar la noticia y agradecer a todos sus amigos por su apoyo, pero Walt se emborracha y luego se pelea con Hank y eso pone freno a las cosas. Está avergonzado por su comportamiento y trata de hacer las paces por todos lados, pero está demostrando ser un desafío. Intenta canalizar sus energías, pero finalmente se da cuenta de cuál es el problema. Walt también le dice a Jesse las buenas noticias y le dice que ha terminado con su pequeña empresa. La relación de Jesse con Jane continúa creciendo, pero él se sorprende cuando su padre llega a verla y ella no lo presenta como su novio. La confrontación resultante aclara su relación.
11 «Mandala»
Después de que uno de sus distribuidores es asesinado por una pandilla rival, Saul propone un nuevo método de distribución para el producto de Walt y Jesse. Bajo estrés, Jesse le dice a Jane lo que hace. Saul pone a Walt en contacto con un distribuidor de metanfetamina llamado Gus, quien acepta comprar el producto de Walt. Sin embargo, Gus expresa preocupación por el problema de drogas de Jesse, que se ha intensificado en el consumo de heroína debido a la recaída de Jane. Skyler descubre que su jefe en el trabajo, Ted, se ha involucrado en una evasión fiscal del SRI, pero debido a su relación pasada, ella decide no denunciarlo. Walt recibe una gran oferta por la entrega a corto plazo del resto de su inventario, pero al mismo tiempo recibe una llamada de Skyler, notificándole sobre su inminente labor.
12 «Phoenix»
Walt entrega el inventario a tiempo, pero se pierde el nacimiento de su hija. Jesse confronta a Walt por su parte del pago, pero Walt se niega a desembolsar los fondos hasta que Jesse pueda demostrar su sobriedad. La adicción de Jesse y Jane es descubierta por el padre de Jane, Donald, quien acepta darle un día para resolver sus asuntos antes de ir a rehabilitación. En un esfuerzo por minimizar el costo de la próxima cirugía de Walt, Walt Jr. crea un sitio web para recolectar donaciones para los gastos médicos de su padre. Saul lo utiliza rápidamente como una forma de reenviar las ganancias de Walt sin levantar sospechas. Después de descubrir lo del pago de Jesse, Jane chantajea a Walt para que le entregue la parte de Jesse. Por casualidad, Walt va a un bar y conoce al padre de Jane. Más tarde, Walt vuelve a Jesse para intentar hacer las paces y ayudarlo a terminar con su adicción. Él encuentra que Jesse y Jane se desmayaron en la cama después de un atracón de drogas, ambos acostados de lado. Él trata de poner consciente a Jesse y, mientras lo hace, Jane cae sobre su espalda. Jane vomita y comienza a sofocarse. Aunque el episodio ha establecido que Walt sabe exactamente qué hacer en tal emergencia, simplemente se pone de pie y mira morir a su posible chantajista.
13 «ABQ»
Jesse despierta, descubre que Jane está muerta y se acerca a Walt. Walt contacta a Saul, quien envía a su detective privado / limpiador Mike (Jonathan Banks) para mitigar la participación de Jesse con la muerte de Jane. Culpándose a sí mismo por la muerte de Jane, Jesse está angustiado y huye. Walter pronto localiza a Jesse en una casa de crack y lo lleva a rehabilitación. Los fondos de Walt se canalizan al sitio web de su hijo, lo que atrae la atención de los medios de comunicación, lo que hace que se sienta abrumado por la culpa. El comportamiento secreto de Walt se convierte en un problema una vez más cuando accidentalmente hace referencia a un segundo teléfono celular mientras está bajo los efectos iniciales de la anestesia momentos antes de su cirugía. Esto lleva a Skyler a investigar más a fondo, revelando así muchas de las mentiras de Walt, lo que la impulsa a abandonarlo.
El padre de Jane, un controlador de tránsito aéreo, angustiado por la muerte de su hija (que Walt se negó deliberadamente a evitar), permite que ocurra una colisión en el aire entre dos aviones en el cielo sobre Albuquerque, lo que resulta en escombros y restos humanos que llueven sobre la residencia White, así como sobre gran parte de la ciudad.
